當絕不能碰觸的 < 黑盒子 > 被開啟時遭封印的過去，如今浮出水面

位於東京八丈島臨海所建的海洋設施「 太平洋浮標 」，為了正式啟動連結世界各地警察機構的即時影像監視器系統，世界各國的工程師受邀，為連接歐洲刑警機構的監控網路系統來進行共同研發。應用臉部辨識的某個「 新技術 」也同時進行了測試。

另一邊，在園子的招待下，柯南與少年偵探團也為了賞鯨來到八丈島，柯南接到沖矢昴（赤井秀一）的電話，得知歐洲刑警機構職員在德國被琴酒殺害的消息。對此深感不妙的柯南，決定跳上正開向「太平洋浮標」的專屬警備艇以潛入設施，黑田兵衛等警示廳相關人員也在艇內。

此時，設施內正為了啟動系統而進行各種準備，卻發生了女工程師慘遭黑暗組織誘拐事件！而她所持有的紀錄著某個重要情報的USB也不幸落入黑暗組織手中。深海中發出令人顫慄的金屬摩擦聲。而在八丈島過夜的灰原身旁也出現了黑影，悄悄逐步接近⋯