印有「東都鐵塔」的新版萬圓紙鈔問世，社會大眾為之沸騰。柯南與少年偵探團、阿笠博士、小蘭以及園子一同參觀日本紙幣印刷局的長野工廠。

另一方面，警視廳在命案現場發現偽鈔，隨即成立搜查本部。假鈔流通的消息震撼社會的同時，柯南與平次也前往疑似印製偽鈔的大阪。面對因偽造新鈔而引發的國家級危機，柯南將以史上最大規模的全明星陣容迎戰！