哥哥愛德華，身處西元1923年面臨世界大戰的德國慕尼黑，為找出回到鍊金術世界的方法而焦慮。
弟弟阿爾馮斯，在原來的鍊金術世界中尋找哥哥的下落。
被拆散至兩個不同平行世界的愛力克兄弟，為了能夠再次相會各自尋求著手段。
在焦慮的愛德華眼前出現另一條道路，企圖把超自然現象與科學結合，欲開啟前往傳說中的理想國度香巴拉的狂熱組織─杜利協會。
當兩個世界成功的連結起來，鍊金術世界面臨著空前的危機。
面對這重大事件，努力尋求重逢機會的愛力克兄弟，他們將要如何迎接挑戰呢？
兩人擊掌之時，也是全新真相鍊成的時刻！