西元2029年。企業網路覆蓋全球，電子和光在世界各地傳播，但資訊化尚未讓國家和民族消失的近未來日本。接受過全身義體化改造的生化人草薙素子，率領著一支包含隊員巴特在內的精銳部隊，她渴望建立一支專門用來預防犯罪的特殊部隊。因此，擁有類似構想的內務省官員荒卷大輔招募了草薙素子和她的團隊，成立俗稱「攻殼機動隊」的維安組織「公安九課」。後來，公安九課在調查一起牽涉國際陰謀的電腦犯罪案件時，發現了神秘駭客「傀儡師」的存在。草薙素子將面臨什麼樣的命運？傀儡師真正的目的又是什麼？新時代的賽博龐克動作劇正式揭幕！